Europejska Sieć Ekologiczna Natura 2000 jest systemem ochrony zagrożonych składników różnorodności biologicznej kontynentu europejskiego, wdrażanym od 1992 r. w sposób spójny pod względem metodycznym i organizacyjnym na terytorium wszystkich państw członkowskich Unii Europejskiej.
Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów tj. obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO).
Na terenie Gminy Krzeszowice występują następujące obszary Natura 2000:
- Obszar „Dolinki Jurajskie” o ogólnej powierzchni 886,51 ha w skład których wchodzą min. położone na terenie gminy:
Dolina Eliaszówki posiadająca powierzchnię 106.68 ha
Dolina Racławki posiadająca  powierzchnię 472,66ha
Obszar ochrony ptaków i siedlisk, obszar o wysokiej bioróżnorodności, miejsce występowania rzadkich i chronionych gatunków zwierząt, w tym sześciu gatunków nietoperzy oraz występowania liczne rzadkie i zagrożone gatunki roślin, w tym prawnie chronione.
- Obszar „Czerna” o powierzchni 76,39 ha. Obszar występowania trzech gatunków nietoperzy. Rzadki przypadek koloni rozrodczej podkowca małego w obiekcie podziemnym (piwnica)
- Planowany obszar „Krzeszowice” o powierzchni 40,1 ha, - obszar ochrony siedlisk, jedna z trzech ostoi kluczowych dla ochrony nocka orzęsionego /gat. nietoperza/. Druga pod względem liczebności kolonia rozrodcza tego nietoperza w Polsce.

Źródło:  Standardowe formularze danych dla obszarów specjalnej ochrony dla obszarów spełniających kryteria obszarów o znaczeniu wspólnotowym i dla specjalnych obszarów ochrony.
http://natura2000.mos.gov.pl/natura2000/pl/?s=49

Mapa http://natura2000.mos.gov.pl/natura2000/dane/mapy/PLH120034_1.jpg